Cũng giống như bao bậc đế vương khác, sau khi lên ngôi, ổn định giang sơn xã tắc, xây dựng thiên hạ thái bình cường thịnh, ông cũng lập hậu cung tuyển chọn mỹ nữ. Hậu cung của Chu Nguyên Chương cũng vô cùng nhiều giai nhân. Trong “Minh Hội điển” có ghi: “Thái tổ có tổng cộng 40 phi tần" có tài liệu ghi là 46 phi tần. Bất luận là con số nào mới chính xác thì điều này chứng minh rằng phi tần của Chu Nguyên Chương không dưới 40 người.

Chu Nguyên Chương nổi tiếng quản lý hậu cung vô cùng nghiêm khắc, thậm chí có phần tàn khốc. Chỉ cần phát hiện phi tần không chung thủy, sẽ xử nghiêm không cần lý do. “Thiết quần hình” là một trong những nhục hình tàn khốc, vô nhân tính mà đàn ông thời cổ đại dùng để trừng phạt những người phụ nữ bất trung. “Thiết quần” chính là dùng miếng sắt mỏng tạo thành hình giống chiếc quần. Nữ phạm sẽ phải mặc lên người, sau đó đốt nóng “Thiết quần”. Người chịu hình phạt này sẽ bị sắt nóng cháy xém da thịt, đau đớn mà chết.

Tương truyền, chính mẹ đẻ của Minh Thành Tổ Chu Đệ – Ngạc Phi (khi mang thai Chu Đệ được 7 tháng Ngạc Phi đã sinh non) đã phải chịu nhục hình “Thiết quần” (mặc quần sắt) tàn khốc đến chết. Chính vì sinh non trước một tháng, nên Chu Nguyên Chương đã nghi ngờ Ngạc Phi bất trung, tư thông với người khác. Cơn thịnh nộ nổi lên, không cần điều tra nguồn cơn, ông ta đã ban cho Ngạc Phi nhục hình “Thiết quần” đầy đau đớn. Xung quanh câu chuyện này, vẫn còn tồn tại rất nhiều tương truyền trong dân gian về nguyên nhân cái chết của Ngạc Phi. Có cách giải thích khác lại nói, do Ngạc Phi đắc sủng mà trở nên kiêu căng, ngạo mạn, muốn ép Chu Nguyên Chương lập con đẻ của mình là Chu Đệ làm thái tử nên đã bị trừng phạt đến chết. Lại có quan điểm cho rằng, Ngạc Phi sinh ra Chu Đệ, Mã Hoàng hậu vô cùng yêu thích nên đã tìm cách hãm hại Ngạc Phi và nhận Chu Đệ là con đẻ của mình.

Sử cũ ghi lại rằng có một lần, người ta phát hiện trên con sông chạy ngang qua hậu cung Minh triều có một thi thể trẻ con. Sự việc này đã khiến Hoàng đế bốc hỏa, nhất quyết cho rằng một phi tần nào đó đã vụng trộm mới dẫn đến cục này. Nghĩ đi nghĩ lại vài ngày, Chu Nguyên Chương cho rằng Hồ Xung phi chính là "thủ phạm" nên đã sai người giết chết bà. Tuy nhiên, điều đáng buồn cười là khi đó, vị phi tần này tuổi đã ngoài 50, về cơ bản rất khó có con.

Thậm chí, cũng có những giai thoại cho rằng, Chu Nguyên Chương đã giết hại đến 5.000 cung nữ song cho đến nay, vẫn chưa có chứng cứ rõ ràng về việc này.

Với Mã hoàng hậu

Tuy Chu Nguyên Chương là người rất đông phi tần, hậu cung hùng hậu nhưng vì sao ông lại không bị liệt vào danh sách các hoàng đế hoang dâm? Điều này có thể do chính cách ông đối xử với những người đẹp bên mình và đặc biệt là đối với người vợ tào khang, khiến hậu thế cảm thấy nể phục.

Tương truyền Chu Nguyên Chương là người trời không sợ, đất không sợ chỉ sợ mỗi hoàng hậu Mã Tú Anh không vui. Mã Tú Anh hoàng hậu là người có nhân phẩm tốt. Đối với trên thì nhất mực kính trọng, với kẻ dưới vô cùng nhân từ. Chính vì thế, hậu cung của Chu Nguyên Chương tương đối bình yên. Các phi tần, cung nữ và thái giám không ai là không phục bà.

Vì xuất thân nghèo khó, từng cùng Chu Nguyên Chương nếm mật nằm gai làm nên đại nghiệp chính, vì thế Mã hoàng hậu luôn biết tiết kiệm tiền bạc và trân quý sinh mệnh con người. Bà luôn trợ giúp Chu Nguyên Chương trong việc an bang trị quốc. Bà cũng thường xuyên can gián những việc làm sai trái của chồng. Tuy vậy, bà lại không phải là người ích kỉ khắt khe. Bà luôn thoải mái, thậm chí còn khuyến khích Chu Nguyên Chương nạp thêm phi tần. Ông cũng rất hiểu đức hạnh và tài năng của Mã hoàng hậu. Đối với Mã hoàng hậu, ông luôn dành cho bà sự kính trọng và không ai có thể thay thế được vị trí của bà.

Khi Mã hoàng hậu lâm trọng bệnh, Chu Nguyên Chương đã cho tìm danh y giỏi đến chữa bệnh. Hàng ngày, chính ông đích thân mang cơm, bón thuốc cho hoàng hậu. Đây quả là một vị hoàng đế hiếm có trong lịch sử.

Năm thứ 15 Hồng Vũ, Mã hoàng hậu qua đời thọ 51 tuổi. Chu Nguyên Chương đau lòng khôn xiết đã thề với trời đất không lập thêm ai làm hoàng hậu. Ông còn phong cho hoàng hậu thụy hiệu cao quý: Hiếu Từ Chiêu Hiến Chí Nhân Văn Đức Thừa Thiên Thuận Thánh Cao hoàng hậu và cái tên Hiếu lăng cũng bắt nguồn từ thụy hiệu này.